内視鏡機器が細く柔らかくなったため、鼻から内視鏡を挿入し検査をすることが可能になりました。経鼻内視鏡に用いる極細径内視鏡の直径は約5mmですが、これに対し一般的な経口内視鏡では9から10mmです。直径が1/2程度であるとすると、飲み込む面積は1/4ほどになり、経鼻内視鏡ではスコープを飲みこむ際の負担が大幅に軽減できます。また、経口内視鏡では、挿入する際にどうしても喉の奥の舌の付け根(舌根部)に触れてしまい、嘔吐反射を引き起こす「嘔吐き（えずき：おえっとなること）」が問題になることが多かったのですが、経鼻内視鏡は鼻から細いスコープを挿入することで、 鼻腔内から喉の後ろ側を通って、直接食道に到達することができ、嘔吐反射が少なく、検査中に会話もできるというのもメリットです。ただ、鼻の奥は喉に比べて痛みに敏感で、粘膜が出血しやすい上、日本人には鼻中隔側弯症の方も多く、鼻の奥が狭い場合、スコープが通過する際に出血したり、痛みが出たりして、鼻腔を通過することができないこともあります。

また内視鏡検査では、胃の中の水分や余分な薬剤を吸引すること、空気を送り込んで胃を膨らませて観察すること、鉗子という針金状の器具で組織をつまむ生検をするといった一連の操作が必要ですが、経鼻内視鏡ではそのルートが細いのでいずれの操作にも時間がかかることが多く、結果的に検査に時間を要することも欠点といえます。

このほか極細径スコープの一番の欠点としては、経鼻内視鏡は高精細経口内視鏡に比べて画素数が約9分の1と少なく、さらに光源から届く光量は高精細の約5分の1程度なので、画質が低下して微細な病変を見逃す可能性があるということでした。ただ、この観察能力に関しては、検査中にスコープを充分に粘膜に接近して念入りに観察することで、最近の統計では差異がないと言われています。ただし、念入りな観察のためには、やはり検査時間が長くなることは止むを得ないのが現状です。

胃部内視鏡検査、いわゆる胃カメラの強みは、胃の粘膜表面の状態を詳しく観察できることです 胃カメラは、口や鼻から柔らかいチューブ状のカメラを挿入し、食道、胃、十二指腸の粘膜表面を、明るい光源で照らしながら観察する検査です。カメラの先端が粘膜に近接して観察することができるので、詳しい情報を得ることができます。特に、胃潰瘍や、胃炎といった良性疾患だけでなく、早期の胃がんなどについても発見することが可能です。また、「生検」といって「がん」が疑われる部位の細胞を一部採取して、確定診断を得られることも大きな特徴です。テレビでもおなじみのピロリ菌の検査も同時に行うことができます。

その一方で、カメラが挿入されるときの違和感が敬遠されることが多く、それが胃カメラの欠点とも言えます。ただ、検査前にのどに十分な麻酔（ゼリー状、スプレー状の麻酔薬を染込ませる）を施すことで大部分の方は、それほど大きな負担無しに検査を行うことが可能です。人によっては、のどの反射が強く、カメラを挿入するときに非常に苦しい場合があり、その様な方には、検査前に鎮静剤を注射して、気分を和らげのどの反射を抑えることで、楽に検査を受けていただくこともできます。
胃部レントゲン検査、すなわちバリウム検査では、液体の造影剤（バリウム）を飲み、胃の表面についたバリウムの状態をレントゲン検査で観察することで、胃の粘膜の状態や、潰瘍、胃がんなどによって起こる変化を見つける検査です。また、実際に造影剤が口から食道、胃から十二指腸へと流れていく様子を見ることができる他、胃全体の形を観察することができるのが大きな特徴です。

胃カメラに比べて、検査に伴う苦痛が少ないという利点がありますが。粘膜面の観察や、確定診断についての精度では胃カメラに勝ることはできません。
健診のバリウム検査で異常を認められた場合には、二次検査、精密検査として内視鏡検査を受けることになります。また、普通の方には健康上問題はありませんが一定量の放射線被曝が避けられないため、妊娠中の方や妊娠の可能性のある方は受けることができません。この他、検査後に造影剤による便秘が起こる可能性があるという問題もあります。 　
胃カメラにしても、バリウムにしても、その検査の大きな目的の一つは胃がんを早期の状態で発見することです。いろいろなタイプの胃がんを見つけるためには、粘膜に強い胃カメラと、動きや胃の形全体に強いバリウムの検査を、状態にあわせて組み合わせるのが理想的といえますが、検診などでは、現在でも歴史の長いバリウム検査が主流です。個人で選択できる場合は最初から内視鏡検査をお勧めします。また、健康診断として毎年、もしくは定期的に受けられているのであれば、基本的には、バリウムの検査で、前年のバリウム検査で何らかの異常があれば、胃カメラを行うという方針でも良いでしょう。